Emilia Sánchez es licenciada en Medicina y Cirugía por la Universidad de Valladolid, Epidemiólogo del Estado por oposición y Máster en Salud Pública por la Escuela Nacional de Sanidad, Máster en Seguridad y Defensa Nacional por la Universidad Juan Carlos y Programa de Alta Dirección de Instituciones Sanitarias (PADIS) por el IESE.
Además, ha sido subdirectora general de Planificación y Formación Sanitaria en el Ministerio de Sanidad y subdirectora general de Títulos de Especialistas en Ciencias de la Salud del Ministerio de Educación, siendo miembro de distintos Comités Europeos y Nacionales de Expertos en Formación Sanitaria Especializada.
En 2015 fue nombrada directora general de Planificación, Investigación y Formación en la Consejería de Sanidad de la comunidad de Madrid, durante ese período coordinó la elaboración del Libro Blanco de la Sanidad Madrileña con la creación de la Unidad de Planificación, puso las bases para el diseño de la futura Carrera Profesional de los investigadores, y consolidó la Biblioteca Virtual Central de Sanidad de Madrid, entre otros.
Finalmente, a principios de 2017 pasó al ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad como vocal asesor de Asuntos Internacionales de la Secretaria General de Sanidad y Consumo, puesto que ha desempeñado hasta su reciente nombramiento en el ISCIII como subdirectora general bajo cuya responsabilidad están adscritas la Escuela Nacional de Sanidad y la Escuela Nacional de Medicina del Trabajo del ISCIII.
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