El macabro hallazgo fue anunciado en momentos en que Merkel participaba en Viena en una cumbre con los dirigentes de los países de los Balcanes, que exigieron un "plan de acción" de la UE para contener esta ola migratoria que los afecta directamente.
De acuerdo a la policía, el vehículo, que contenía entre 20 y 50 cuerpos, fue encontrado abandonado en un área de descanso de una autopista del estado de Burgenland (este), cerca de Hungría, también desbordada por la llegada masiva de migrantes.
El vehículo, que llevaba el logo de una empresa avícola eslovaca, tenía una placa de inmatriculación húngara y salió de Budapest el miércoles por la mañana. Del camión salían "fluidos de cuerpos en descomposición", según las autoridades.
El balance exacto de víctimas era imposible de determinar por el momento, debido al estado de los cuerpos, según la policía.
"Hoy es un día sombrío (...) esta tragedia nos afecta a todos", declaró la ministra del Interior de Austria, Johanna Mikl-Leitner, quien añadió que "los traficantes de personas son criminales".
La policía húngara participará en la investigación, anunció Budapest.
Europa se enfrenta a su mayor crisis migratoria desde la Segunda Guerra Mundial. Desde principios de 2015 ha recibido una cifra récord de migrantes procedentes de zonas de conflicto en África, Asia y Oriente Medio.
Desde principios de año, más de 107.000 migrantes han llegado a Italia por mar y 157.000 a Grecia, según un balance publicado el martes por la Organización Internacional para las Migraciones (OIM).
"Estamos todos conmocionados por esta terrible noticia", declaró la canciller alemana tras enterarse de la noticia.
Merkel reconoció que los países de los Balcanes se enfrentan a "enormes desafíos", al acoger a decenas de miles de migrantes que están de tránsito hacia países de la Unión Europea.
"Nuestra responsabilidad es ayudar a estos países", sostuvo.
Macedonia y Serbia, las dos naciones por las que transita el mayor número de migrantes hacia Europa occidental, pidieron en Viena una "respuesta europea" a la crisis.
"Nos enfrentamos (...) a una verdadera migración de pueblos, y Serbia y Macedonia son los países de tránsito" dijo el ministro serbio de Relaciones Exteriores Ivica Dacic.
La "ruta de los Balcanes del Oeste" es el camino que toman miles de sirios o iraquíes que huyen de la guerra, así como albaneses, kosovares o serbios que buscan una vida mejor.
En autobús, tren o a pie, las escenas de caos se multiplican en los países del este de Europa a medida que miles de migrantes avanzan hacia el continente.
En los siete primeros meses de 2015, el número de inmigrantes en las fronteras de la Unión Europea alcanzó 340.000, contra 123.500 en el mismo período en 2014, según la agencia Frontex encargada de las fronteras exteriores del espacio Schengen.
En el mar Mediterráneo, más de 2.300 personas han perdido la vida desde inicios de este año intentando llegar a las costas europeas, según un balance establecido a mediados de agosto por la OIM.
El jueves, el balance volvió a aumentar con al menos 30 migrantes que murieron al naufragar frente a las costas de Libia la embarcación en la que unas 200 personas pretendían cruzar el Mediterráneo rumbo a Europa.
Al mismo tiempo, los guardacostas italianos anunciaron que habían coordinado el salvamento de unos 1.400 migrantes frente a las costas libias, donde unos 3.000 fueron rescatados el miércoles.
Hungría, miembro de la UE, se ha convertido en el mayor punto de entrada de los migrantes que llegan por tierra. Un nuevo récord fue establecido el miércoles con la llegada, por la frontera con Serbia, de 3.241 personas.
El flujo se incrementó cuando falta poco para que Hungría termine la construcción de una valla de 175 km para contener a los migrantes procedentes de Serbia. Las autoridades anunciaron que la obra estará terminada el 31 de agosto.
Rumania anunció que reforzará "preventivamente" la seguridad en su frontera con Serbia, ya que teme que los migrantes intenten pasar por su territorio ante la imposibilidad de pasar por la frontera serbo-húngara. Rumania es miembro de la UE pero no del espacio Schengen.
Por su parte, Alemania, que se prepara para recibir 800.000 solicitudes de asilo este año, flexibilizó este proceso para los sirios que huyen de la guerra civil en su país.
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