El terremoto tuvo lugar a las 12H25 (03H25 GMT) frente a la costa sur de la isla, a unos 750 kilómetros al norte de Tokio y a una profundidad de 50 kilómetros, precisó la agencia japonesa de meteorología.
No se registraron daños ni víctimas por el momento, pero la cadena pública NHK retransmitía imágenes de fuertes temblores.
Un sismo de magnitud 6,1 se había registrado el martes frente a las costas de Hokkaido.
Japón se encuentra situado en la confluencia de cuatro placas tectónicas y registra un 20% de los movimientos telúricos más fuertes del mundo.
En 2011, un sismo de magnitud 8,9, seguido de un gigantesco tsunami, dejó 15.000 muertos y 3.380 desaparecidos.
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