Una portavoz del ministerio precisó a la AFP que "la medida entrará en vigencia inmediatamente", pero no indicó de qué puntos de paso se trata.
Ambos países se habían puesto de acuerdo en septiembre para dejar abiertas sus fronteras a los refugiados, antes de restablecer controles a mediados de ese mes.
La gran mayoría de los numerosos candidatos al asilo pasaban por los alrededor de 800 kilómetros de frontera entre Austria y la región alemana de Baviera, donde se formaban largas filas de migrantes agotados.
El ministro del Interior alemán Thomas de Maiziere criticó el miércoles a Austria, afirmando que este país enviaba a Alemania miles de personas de manera desorganizada.
"Austria prometió volver a usar procedimientos ordenados", agregó.
Alemania prevé acoger este año a entre 800.000 y un millón de demandantes de asilo. Sirios, albaneses y afganos encabezan la lista de los que más lo solicitan.
A pesar de su política aparentemente favorable a los migrantes, el gobierno de Berlín ha anunciado nuevas medidas para expulsar a los migrantes económicos, en particular los de los Balcanes.
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