Más de 7,5 millones de electores están convocados para votar a partir de las 07H00 locales (13H00 GMT). Las mesas cierran 11 horas después.
Morales, un popular comediante de cine y televisión, aparece en las encuestas como favorito en la contienda, pese a que carece de experiencia política.
El domingo también se elegirá a 11 alcaldes en ciudades en que el Tribunal Electoral anuló los resultados del pasado 6 de setiembre por hechos de distinta naturaleza, incluidos actos de violencia.
Según analistas, el futuro presidente deberá impulsar un diálogo con sectores empresariales, políticos, académicos, campesinos e indígenas para recuperar la credibilidad en la dirigencia política tras una serie de escándalos.
El nuevo mandatario recibirá el poder de un gobierno de transición, encabezado por el presidente Alejandro Maldonado, quien terminará los últimos cuatro meses del mandato de Otto Pérez, en prisión preventiva por corrupción.
Pérez renunció al cargo el pasado 2 de setiembre al ser acusado de dirigir una estructura de defraudación tributaria en las aduanas. Su exvicepresidenta Roxana Baldetti también guarda prisión por el mismo caso.
Una investigación judicial reveló en abril pasado la existencia de una red criminal denominada "La Línea" que cobraba sobornos para evadir el pago de impuestos en el ingreso de mercadería.
El escándalo provocó indignación en la población y los guatemaltecos salieron masivamente a las calles para exigir la renuncia de los gobernantes.
Cualquiera que resulte electo encontrará un Estado con arcas vacías, carecerá de mayoría en el Congreso y estará bajo la mirada vigilante de la población, que exige transparencia.
El panorama más complicado es para Morales, porque solo tiene 11 de los 158 diputados en el Congreso, al tiempo que su partido no gobierna ninguna de las 338 alcaldías.
En tanto, la agrupación de Torres obtuvo 33 parlamentarios y ganó 62 alcaldías.
"El nuevo presidente enfrentará un panorama tétrico porque el Estado está agonizando, las instituciones están colapsadas, la mayoría de los ministerios están endeudados, con cuentas pendientes", dijo a la AFP Manfredo Marroquín, presidente de Acción Ciudadana, capitulo local de Transparencia Internacional.
Para complicar la situación, el fisco ha registrado "una caída muy drástica de ingresos y (el gobierno) va a tener de entrada muchas demandas y no cuenta con ninguna capacidad financiera para satisfacer esas demandas".
En los últimos meses varios de los 14 ministerios han colapsado por falta de recursos, como el de Salud, que está desabastecido de medicinas, y el de Comunicaciones e Infraestructura, que tiene deudas con empresas constructoras.
Abelardo Medina, analista del Instituto Centroamericano de Estudios Fiscales, comentó que otro problema será la baja recaudación tributaria, que apenas supera el 10% del Producto Interno Bruto. Se prevé que el déficit fiscal alcance el 2,1%.
"Va a tener que ser un presidente muy creativo para hacer reformas realmente radicales que le permitan tener un horizonte de gobernabilidad", advirtió Medina.
El politólogo Marco Antonio Barahona consideró a su vez que lo primero que tendrá que hacer el nuevo gobierno será promover reformas profundas a la Constitución de 1985, redactada en medio de la guerra civil de 36 años (1960-1996), que dejó 200.000 muertos o desaparecidos, según un informe de la ONU.
La Carta Magna se hizo en "un contexto del conflicto armado interno con mucha preponderancia de los militares y en el que no había un poder social más organizado. Por lo tanto, (...) la Constitución corresponde a los intereses de tradicionales sectores de poder de Guatemala", explicó.
Los analistas advierten que el nuevo gobierno estará bajo la lupa de la fiscalización pública para evitar nuevos escándalos como los que precipitaron la caída del expresidente Pérez.
De acuerdo con Marroquín, el movimiento de indignados que surgió con la movilización anticorrupción está vigilante y a "cualquier signo de mal gobierno, la gente va a salir inmediatamente las calles".
Torres y Morales convirtieron el combate a la corrupción en el eje de sus promesas electorales.
"El impulso cívico ciudadano por la transparencia debería de mantenerse con el próximo gobierno. Si queremos que las cosas cambien realmente, hay que mantener vivo ese espíritu de indignación, de denuncia y rechazo a las prácticas nocivas y corruptas", comentó Barahona.
"Más allá de la corrupción, (la población) está mucho más alerta en que el gobierno no solo no sea corrupto sino que sea eficiente", puntualizó.
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