Berlín envió a la Comisión Europea una carta anunciando esta decisión, puesto que "la situación en las fronteras hace que no podamos renunciar a esta medida", según la portavoz.
El control en las fronteras suspende de facto los acuerdos del espacio Schengen de libre circulación.
Alemania había implementado los controles el 13 de septiembre pasado.
"Tenemos que volver a un manejo ordenado de la política de los refugiados", dijo el portavoz del ministerio.
Alemania, el país más poblado de la Unión Europea, ha recibido el mayor número de migrantes que llegaron a Europa, huyendo de la guerra y la pobreza.
El gobierno estimó que puede llegar a acoger entre 800.000 y un millón de refugiados en 2015.
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