Karpelès, de 30 años, está acusado de haber accedido al sistema informático de la plataforma y de haber falsificado los datos de sus cuentas, indicó la agencia Kyodo y la cadena de televisión pública NHK.
MtGox detuvo sus transacciones en febrero de 2014 tras haber sido victima, según Karpelès, de un ataque informático masivo.
La plataforma se declaró en quiebra a continuación, al admitir haber perdido 850.000 bitcoins por un valor de 48.000 millones de yenes (unos 390 millones de dólares).
Karpelès aseguró más tarde que encontró unos 200.000 bitcoins en un cartera diferente, no conectada a los otros ordenadores.
MtGox representaba una de las plataformas "históricas" de intercambio de bitcoins, una moneda virtual creada en 2009 y cuyo valor llegó a cotizar a más de 1.000 dólares a finales de 2013.
Por el momento, la policía japonesa no realizó declaraciones.
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