Federer cayó ante el estadounidense John Isner por 7-6 (7/3), 3-6 y 7-6 (7/5), mientras que Nadal se impuso por 4-6, 7-6 (8/6) y 6-2 al sudafricano Kevin Anderson.
Isner se enfrentará en los cuartos de final al español David Ferrer, octavo cabeza de serie, que doblegó al búlgaro Grigor Dimitrov por 6-7 (4/7), 6-1 y 6-4.
"Contra John, la cuestión es saber si va a tener sus grandes saques en los momentos importantes. Tiene altura, potencia, ángulos. No he podido con su servicio", admitió Federer, que llegó a pedir la entrada en pista de un masajista.
"Me dolía un poco el brazo. Ya había tenido dolor en Basilea y luego se fue. Pedí tomar algo contra la inflamación. No me preocupa para el Masters (de final de temporada en Londres)", apuntó.
El veterano tenista suizo admitió que el torneo de Basilea es su "prioridad" y que allí se esforzó al máximo, por lo que no llegó todo lo fresco que deseaba a este último Masters 1000 del año.
Al contrario que Federer, no falló el número uno mundial, el serbio Novak Djokovic, que se clasificó con un triunfo en dos sets (6-3, 7-5) sobre el francés Gilles Simon.
Djokovic, que llegó a perder cinco juegos con su saque, admitió que no había sido su mejor partido.
"El servicio no funcionó. He comentido muchos errores, pero son cosas que pasan. Me esforcé por mantener la calma en los momentos importantes", reveló 'Nole', que lleva una racha de 19 victorias consecutivas y 26 sets seguidos ganados.
En cuartos se enfrentará al checo Tomas Berdych, quinto favorito, que se impuso sin excesivos problemas de otro de los ídolos locales, Jo-Wilfried Tsonga (6-3, 6-4).
En el último duelo de la jornada, Nadal, séptimo cabeza de serie, estuvo a punto de caer eliminado ante el sudafricano Anderson, que desaprovechó una bola de partido en el segundo set.
El mallorquín se impuso finalmente por 4-6, 7-6 (8/6) y 6-2. En cuartos se enfrentará al suizo Stan Wawrinka, que se deshizo con menos problemas del serbio Viktor Troicki (6-4, 7-5).
En otro partido destacado, el británico Andy Murray, número 3 de la ATP y segundo cabeza de serie en Bercy, no tuvo ningún problema para eliminar al belga David Goffin, en dos mangas por 6-1 y 6-0.
El rival en cuartos de Murray será el francés Richard Gasquet que logró el pase tras la retirada del japonés Kei Nishikori, cuando perdía 7-6 (7/3) y 4-1.
El Masters 1000 de París-Bercy, último de la temporada, se disputa en pista dura y reparte 3.288.530 de euros.
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