Mohamed Fahmy y Baher Mohamed habían sido condenados a tres años de cárcel, junto al australiano Peter Greste, por haber apoyado, según la acusación, a los Hermanos Musulmanes, la organización del ex presidente islamista Mohamed Mursi, derrocado en 2013 por un golpe de Estado.
El indulto, que incluye a un centenar de presos, tiene lugar en la víspera de la Aid al Adha, la gran fiesta musulmana del sacrificio.
Los tres periodistas habían sido condenados a fines de agosto pasado a tres años de cárcel por haber "difundido falsas informaciones" y haber trabajado sin permiso.
Fahmy y Mohamed habían sido detenidos después de la publicación del veredicto, mientras que Greste fue condenado en ausencia tras ser expulsado de Egipto en febrero pasado.
Los tres periodistas había sido detenidos en diciembre de 2013 y liberados en febrero de 2015 a la espera del juicio.
Entre las otras personas indultadas por Al Sisi, figuran dos mujeres, Yara Sallam y Sanaa Seif, que habían sido condenados por un tribunal de apelación en diciembre de 2014 a dos años de cárcel.
Sallam y Seif habían sido detenidas tras participar en una manifestación contra una ley que limitaba el derecho a manifestar.
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