La policía había indicado el sábado que Karpelès, de 30 años, está acusado de falsificar en 2013 datos en el sistema informático para crear artificialmente un millón de dólares.
Los medios locales señalaban, además, su posible implicación en la desaparición en 2014 de bitcoins equivalentes a 390 millones de dólares.
Las autoridades investigan ahora el supuesto uso ilegal de 1.100 millones de yenes (unos 8,87 millones de dólares) de los depósito de sus clientes, según la televisión pública NHK y el diario Yomiuri, de gran tirada .
Karpelès habría utilizado ese dinero con fines personales y habría transferido una parte a otras compañías, precisaron esos medios.
El francés, que reside en Japón, compareció este domingo ante la fiscalía de Tokio para ser interrogado, según NHK.
El sistema judicial japonés prevé hasta tres semanas de detención preventiva para los sospechosos, un periodo durante el cual la policía puede llevar a cabo intensos interrogatorios.
Karpelès desmintió todas las acusaciones contra él, según los medios locales.
MtGox fue una de las principales plataformas de esta moneda virtual y en su momento más álgido llegó a gestionar el 80% de las transacciones mundiales. Su quiebra así como su uso en asuntos criminales supuso un duro golpe para la reputación del bitcoin.
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