Las inspecciones podrían empezar "en las próximas semanas" pero faltan unos 10 millones de dólares para poder ponerlas en marcha, indicó el portavoz de la ONU, Stéphane Dujarric.
El objetivo del sistema es aumentar la llegada de productos a Yemen, que importa la mayoría de sus alimentos y energía.
La coalición árabe liderada por Arabia Saudita que apoya al gobierno yemení contra las milicias chiítas hutíes impone un bloqueo naval en Yemen, por temor a que los navíos transporten armas destinadas a los rebeldes.
Tras más de un mes de negociaciones, la ONU creó con el gobierno y la coalición un "comité de dirección" basado en Adén (sur), para organizar la inspección de los barcos.
El Programa Mundial de Alimentos estima que 13 millones de yemeníes, sobre una población de 25 millones, están amenazados por la falta de alimentos.
En cinco meses, el conflicto de Yemen ha dejado más de 4.300 muertos, entre ellos 400 niños, y forzado a 1,5 millones de personas a abandonar sus hogares, según la ONU.
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