Los dos hombres, también sirios, Muwafaka Alabash y Asem Alfrhad, están acusados de "tráfico de inmigrantes" y "negligencia deliberada" por el naufragio ocurrido en septiembre en el que murió Aylan, de apenas tres años de edad.
Ambos se exponen a penas de hasta 35 años de prisión.
Según la agencia Dogan, el padre de Aylan también está siendo juzgado por el mismo tribunal pero no especificó las razones. Abdulá Kurdi no estaba en la sala, indicó la agencia.
El pasado 2 de septiembre, un barco de refugiados sirios sobrecargado se hundió frente a las costas de la ciudad turística de Bodrum cuando intentaba llegar a la isla griega de Kos. Doce de ellos murieron.
Las imágenes del cuerpo de Aylan, que apareció pocas horas después sobre la arena de una playa, dieron la vuelta al mundo y desataron una ola de indignación que llevó a la Unión Europea (UE) a abrir sus puertas a los migrantes de Siria e Irak, dos países en guerra.
Turquía, que acoge oficialmente a unos 2,7 millones de sirios y a 300.000 iraquíes, es uno de los principales puntos de salida de los migrantes que quieren instalarse en Europa.
En 2015 más de 850.00 migrantes consiguieron cruzar el mar Egeo y entrar en Grecia.
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