El gobierno había informado a mediados de agosto de una bajada del Producto Interior Bruto (PIB) del 0,4% entre abril y junio de 2015.
La cifra revisada supera las estimaciones de los analistas consultados por la agencia Bloomberg, que abogaban por un repliegue del 0,5%.
En ritmo anualizado, el PIB disminuyó un 1,2%, si bien la estimación inicial era de una reducción del 1,6%.
El archipiélago nipón, que salió de la recesión a finales de 2014, había iniciado 2015 con un crecimiento del 1,1% durante el primer trimestre, respecto al trimestre anterior, pero esta recuperación ha sido corta.
El consumo de los hogares, considerado como el principal responsable de las dificultades de la tercera economía mundial, retrocedió finalmente menos que lo anunciado (-0,7%, en lugar de -0,8%).
La variación de los stocks contribuyó también positivamente al PIB, al pasar de una progresión de 0,1 puntos inicial a un alza de 0,3 puntos.
Las inversiones no residenciales de las empresas sufrieron por su parte una revisión a la baja (-0,9%, en lugar de -0,1%), muestra de la prudencia de las compañías.
El comercio exterior, cuyos datos se mantuvieron intactos, contribuyó por su parte negativamente a la evolución del PIB (-0,3 puntos), mientras que las exportaciones de la tercera economía mundial cayeron un 4,4%.
El gobierno de Shinzo Abe, sumido en una difícil recuperación de la economía, y el Banco de Japón (BoJ) aseguraron que se trataba de una desaceleración temporal, pero las estadísticas del mes de julio, publicadas recientemente, reflejan las persistentes dificultades: repliegue del consumo de los hogares, de la producción industrial y de las exportaciones, en un contexto de inflación nula.
"Vistos los primeros datos del tercer trimestre, una recuperación rápida no parece perfilarse durante la segunda parte del año", estimó en una nota Marcel Thieliant, analista de Capital Economics.
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